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涪陵区中医院前身始于1952年8月,城内个体医生彭友朔、曹清明等先后发起组织成立涪陵县第一联合诊所和涪陵县中医联合诊所,时有医务人员10名。其后,崇义联合诊所、百草堂联合诊所、箱子街联合诊所、泗王庙联合诊所亦相继成立。

1956年5月,中医联合诊所由西门迁去北门口与第一诊所合并,称“涪陵县卫生工作者协会门诊部”。

1959年至1961年卫协门诊部与泗王庙等诊所合而又分,1962年改为“涪陵县城关镇北门口联合诊所”,1963年4月,复称“涪陵县卫生工作者协会门诊部”,1966年4月,城关镇牙科联合诊所并入。

1976年元月,卫协门诊部自筹资金11万元在南门山大地坝街修建卫协中医院,当年12月竣工。

1977年4月,涪陵县卫生局调部分全民所有制医务人员入院,改建为“涪陵县中医院”。县中医院隶属县卫生局,属全民所有制事业单位;内行两部制,卫协门诊部原有医务人员仍属集体所有制职工。时有职工31人,床位12张。

1983年10月17日,涪陵县改为涪陵市,该院随之更名为涪陵市中医院。

1994年11月16日,医院通过国家二级乙等中医医院专家小组评审,成为“国家二级乙等中医医院”。

2003年12月26日,经重庆市中医医疗机构评审委员会评审成为国家二级甲等中医院。

2005年9月16日,经重庆市中医医疗机构评审委员会评审,成为重庆市示范中医院。

2009年,经相关部门批准,涪陵区中医院新选址太乙大道15号(新城区),2010年开工建设。

2013年通过二甲复评,同年启动国家三级甲等中医医院创建工作。

2013年12月底,原涪陵区中山医院并入。

2014年12月30日,涪陵区中医院搬迁至新址太乙大道15号(新城区)开诊投用。

2017年2月28日,成功创建为国家三级甲等中医医院。